かつての大戦真っ只中の1943年、異星連合体からの電波を用いたコンタクトを受け、地球に住む人々は異星人の存在を知る。翌年に戦争は終結し、異星人との交流が始まり地球は銀河連盟の一員になった。毎日のようにロケットが大空を舞っていた。
しかし、その交流も突然の鎖国政策『シャットダウン』によって終わりを告げる。
幼い頃は自作ロケットを作ることに熱中していた主人公の高志。まわりからも天才少年ともてはやされていた。しかし、自分を過信しすぎていたのか、打ち上げ実験で大事故を起こしてしまう。それと時を同じくして宇宙との交流が断絶され、宇宙への情熱を失ってしまう。それ以来ロケット作りからは遠ざかり、ただ惰性で生きていた。
そんなある日、自作有人ロケット大会『50マイルズオーヴァー』出場を目指す千星と知り合い、嫌々ながらも手助けをすることに。幼なじみの歩や担任ロボット教師のはるひの理解もあってか、徐々に高志はかつての情熱を取り戻していく。
高志は、「千星」、「歩」、偶然知り合ったサヴォア星の姫君「セレン」、その従者の「ベルチア」、「はるひ」らと共にロケット部を立ち上げ、『50マイルズオーヴァー』優勝を目指し有人ロケットの製作を始めるのだった。