一般の蛍とは違い、7月中旬からが盛りという珍しい蛍の “夏蛍” が生息している狭土ヶ島 （さどがしま） の田舎町。
主人公の一弥は幼い頃に病気で両親を亡くし、唯一の肉親となった妹の水夏と共に、父親の知り合いで神社を営む倉本家に引き取られ、家族同然ともいえる居候生活を送っていた。
しかし寂しさから、一弥は時々お気に入りの場所である森の池で泣いていることがあった。
母の形見である、願い事を叶えてくれるという “蛍の涙” を握りしめて。

ある夜、森で蜘蛛の巣にかかった一匹のホタルを助ける一弥。
そして次の日、ひとり森で泣いていると、突然現れた少女に話し掛けられ、一緒に蛍を眺めて過ごす。
また遊ぶ約束をして、何日か一緒に遊んでいるうちに元気を取り戻し、いつも笑顔で遊んでくれる少女・片瀬に惹かれていく一弥。
いつものように 「明日も一緒に遊ぼう」 と一弥が誘うと、なぜか女の子は遊べないと表情を暗くする。
それでも一方的に約束を取り付けた一弥が約束の日、“蛍の涙” をプレゼントしようと思い池で一日中待ったが、ついに彼女が現れることはなかった。

時は流れ、一弥を引き取ってくれた神社での暮らしにもすっかり馴染んだ頃。
今年も迎えた、この島にとっては特別で、でも実はいつもと何も変わらない “夏蛍” の季節。
学園2年生の初夏を迎えた時期に、一弥のクラスに突然一人の女の子が転校してきた。
季節外れの転校生というだけでも珍しいのに、それが超弩級の美少女ということで熱狂的一部男子の煽動もあり、学園中がひっくり返るほどの大騒ぎに。
その喧騒のなか、女の子を見た一弥は驚いていた。
彼女は、一弥が蛍の池で出会い、約束を果たせないまま別れた 片瀬観琴 だった……。