名前も顔も居場所も知らない。 実在するかさえわからない。
お前を必ず見つけ出す――

『このメールは未来から送信されている』

2045年 冬。
双葉学園 萌えるAI研究会に所属する 桐島零一 は、偶然にも自我のある人工知能 アペイリア の開発に成功する。

触れてみたい、とパソコンの中の彼女が言う。
零一はAI研究会の部員たちと共に、デジタルの彼女に触れる方法を模索する。

そしてアペイリアの機能を使い、完全没入型VRMMO『セカンド』を作った。
剣と魔法、科学の融合したその仮想世界は第二の現実で、彼らは馬鹿騒ぎをしながら冒険を始める。

だが、『セカンド』は制御の利かない危険なゲームだった。
仮想世界に囚われたアペイリアを救うため、零一たちは命懸けでログインするのだが……

　自我を持った人工知能と、彼女を開発した零一。
　そしてその仲間たちが送る、恋と青春の科学冒険ファンタジー。

――やがて彼は、一つの仮説に辿り着く。

アペイリアを奪おうとしている、何者かの存在に。