ある夏の日、女神様を拾った……
昔から “女神” にまつわる様々な言い伝えや、実際に女神を祀る神社などがある街・羽狭間町（はざまちょう）。
受験を控えた夏休み前のある日、学校帰りに主人公・浅間晃平は女の子を拾う。
遅い時間だったうえ妙に懐かれてしまったため、ひとまず幼なじみの希代（きよ） の家へと連れて帰る。

出会った時から話が通じないと思ったその女の子は、どうも記憶喪失らしい。
しかし、どこか浮世離れした容姿の女の子 “フェイ” は、不思議と地域に受け入れられた。
そして何かの縁なのか、しばらく晃平たちが面倒を見ることに。
学園でもフェイは自然と受け入れられ、一緒に学園生活を送ることになる。

不思議な女の子・フェイと共に迎える、学園最後の夏。
はたして彼女は……。