国内でも一、二を争う霊山『王臨山』のそびえるＮ県十六夜市。

ここでは山を守護する月杜神社と、妖怪達を束ね王臨山の支配を狙う媛巫女・千蟲姫 （ちむしひめ）の戦いが長らく続いていた。勢力的には五分と五分。
主人公は千蟲姫の右腕である、天狗と人間の半妖・飛天丸（ひてんまる）。

その夜も、千蟲姫から力を与えられ出陣しようという時になって、空の気配がおかしいので気をつけろと、彼女からいつもと違う巫女の神託を聞かされる。 王臨山の霊脈を汚そうと出陣した飛天丸の前に、いつものように月杜神社の姉妹巫女二人が立ちはだかる。
不倶戴天の敵である、長女・清家穂乃香（せいけ　ほのか）と、次女・清家澄佳（せいけ　すみか）。 強い霊力を持つこの二人との熾烈な争いの最中、千蟲姫の予言は現実の物となる。

空を飛ぶ幽霊船団の突然の襲来、そして異国の妖魔達が襲ってくる。 狙いは飛天丸達と同じく、山の支配。 飛天丸と巫女二人は、異国の敵に戸惑いながらも互いに急遽手を組み、妖魔達を迎撃する。
千蟲姫の下へ戻った飛天丸に、彼女は告げる。 「異国の妖魔にこの地を荒らされるのは好かんな。徹底的に祓うぞ。力が足らぬなら、月杜を利用しろ」

山が大事なのは、両陣営とも同じ。 千蟲姫と神社の取引により一時休戦。 飛天丸は仇敵・月杜の巫女達と手を組み、異国の妖魔達を争う事になるのだった。