主人公・歩（あゆむ）は、他の人には見えない何かが見えたり、他の人には聞こえない音や声が聞こえたりする、いわゆる “霊感” を持っている。
幼い頃は多少悩まされたりもしたその力も、成長した今となっては気にすることなく、自分の個性の一つとして受け入れていた。

父親の長期海外出張が決まり、歩も当然付いてくるものだと思い込んでいた両親は、早々に家を売りに出してしまう。
だが、歩は 「日本が良い、日本に居たい」 と、両親に付いていくことを頑なに拒んだ。
当初は歩一人を残して行くことを認めなかった両親も、父の田舎で親戚が経営しているアパートで暮らすなら、と許可を出す。
そして、歩は幼い頃に住んでいた父の田舎で、一人暮らしをすることになった。

幼なじみでイトコの桃花（とうか）と再会した歩は、転入した学園で桃花が作った部活動 “ミステリーサークル部” に入部する。
そこには、不思議関係が全部好きな桃花を始め、黒魔術が趣味のアリス先輩、UFOに夢中な後輩の京（みやこ）に、神社の神様を崇拝する同級生の菖蒲（あやめ） といった、個性的なメンバーが揃っていた。
彼女たちはその個性からか、周囲から浮いていて今ひとつ馴染めていなかったが、そんな彼女たちと居ることはとても楽しくて温かくて――

いつしか、歩はこの部活動が自分にとってかけがえのないものとなっていたことに気付くのだった。