主人公・眞琴は、夏休みに両親がハネムーンに行っている間、
従兄である稔の元に世話になる事になった。
そんな中、ある日稔がまにょっこであることを知ってしまう。

「あなたも……『持っている』人なんですね」

実は、眞琴もまた強い魔力を秘めていたのだ。
稔の友人・恭とも知り合い、楽しい日々が始まるかに思われたが、
ある日、稔が突然家に帰ってこなくなってしまう。

稔を探すため、眞琴は恭と共に神田道場の夏輝を訪ねることに。
そこで出会ったのは、恭に憧れ、夏輝にどこか張り合っている少年・千里。
眞琴は彼と何気ない会話から友人となる。

話すうちに、千里も人並み外れた魔力を持っていると眞琴は察する。
一方、恭は稔を探し出せたがその様子はおかしく……変身して襲いかかってきた。
稔が相手では上手く戦うことが出来ず、恭は変身が維持できないほど魔力を
搾り取られてしまう。
変身することすら出来なくなった恭に、千里は思わず告げる。

「おれが代わりに戦いますよ！　その……恭さんのために」

眞琴は千里の戦う意志に驚き、自分にもあんな勇気があればと願う。
そんな時、ふと誰かの呼ぶ声を耳にする。たどり着いた先にいたのは……。

「むぎゅー！　ひどいケロ！　踏むなケロ！」

ぷっくり太った喋るカエル、カエロッタだった。
稔との契約を無理やり解消されてしまったと話すカエロッタは眞琴を見定め告げる。

「キミ、ケロと契約してみないケロ？」

そんなまにょっこ達を怪しく見つめる影・紫苑の思惑とは……？

波乱に満ちた、新たなまにょっこの物語が幕を開けようとしていた。