かつて日本のとある地方都市『綾女ヶ丘市』で、人類の存亡を賭けた秘められた戦しがあった。運命に引き寄せられた少年少女は、異空間に封印されていた魔女と戦うことになる。 『赤い夜』という異空間の中で、隻眼の少年『皐月駆(さつきかける)』は『草壁美鈴(<さかべみすず)』という陰陽師の少女と出会う。 生死を賭けた激戦を乗り越えたとき、駆と美鈴の間には分かち難い·愛情が芽生えていた。 戦いを終え、美鈴が故郷である『草壁の里』へ帰ると告げたとき、駆も草壁姓を名乗り、自らも陰陽師になる決意を伝える。 風詠ヶ岳と呼ばれる険しい山地の麓にある『草壁の里』へと帰った美鈴と駆。 かつて流派の宝刀五振りすべてを独占し、里を去っていた美鈴に対して、里の者たちの風当たりは予想以上に厳しかった。 しかし、里を襲った怪異『骨喰』を美鈴と駆が倒したことをきっかけに、その風向きが変わりはじめる。 そして、駆は厳しい修行の果てに、ついに草壁流陰陽師としての印可を得る日が訪れる。 それは婚約していた美鈴と正式に結ばれることを意味した。 草壁流独自の『婚姻の儀』を終えたふたりは、新婚初夜を迎える。 それまで幾度となく、愛し合ってきてはしたが、特別な夜にふたりは激し<燃え上がるのだった。 婚姻に至ったふたりではあったが、駆は美鈴に内緒である計画を練っていた。 草壁流の仕来たりに粛々と従う美鈴が、実は長年夢見ていた『結婚の形』があることを駆は知っている。 そんな愛妻の夢を叶えるために、駆が動き始める。 『11eyes』本編で語られなかった美鈴と駆のその後を描く物語が、今ここにはじまる——

隻眼の少年「皐月駆（さつきかける）」が、たった１人の肉親である姉を喪ったのは５年前のことだった。 幼馴染「水奈瀬ゆか（みなせゆか）」の健気な対応のお陰か、今では何とか心の平静を取り戻してはいたが、駆の心にはどこか虚無感が漂い、未来に希望を抱けないまま怠惰な日々を送っていた。 新興都市「綾女ヶ丘（あやめがおか）市」にある「虹陵館（こうりょうかん）学園」、通称「虹校（にじこう）」に通う２人。 まるで当然のように駆に寄り添い、健気に尽くすゆかだったが、無気力な駆との関係はなかなか進展しなかった。 それでも、ほんの少しずつ前に進もうとしていた２人であったが、それを嘲笑するかのように、彼らの運命は劇的な変化を起そうとしていた。 街から人の気配が消え去り、まるで無人の廃墟を思わせる静寂に包まれる。 空は鮮血を満たした泉のような赤い色に染まり、墨を落としたような漆黒の月がかかっていた。 自分たち以外には誰もいないような荒涼とした世界に変貌を遂げる綾女ヶ丘。 黒く巨大な月の下、赤い夜の世界に駆とゆかは取り残されてしまったのだ。 街には人の代わりに、異形の存在が不気味に蠢き、成すすべのない駆とゆかは、ただ逃げる他になかった。 やがて、ある程度の時間が過ぎれば「赤い夜」の世界から現実に戻れることを知るが、「赤い夜」は時と場所を選ばず唐突に訪れる。 その繰り返しに疲れ果て、命の危険に晒される２人……。 そんな中で駆とゆかは、自分たちの他にも「赤い夜」の世界に投げ出されている人間、仲間がいることに気付く。 あるものは陰陽道の術を駆使して敵を圧倒し、あるものは人間離れした戦闘能力をもって敵を蹴散らしていた。 「赤い夜」の世界で出会った仲間たちは、駆とゆかの常識を超えた異能者だったのである。 赤い夜に出入りしている人間の数は、駆たちを含めて６人。 彼らは赤い夜で生き残るため、協力し合うこととなる。 だが、そんな彼らの前に明確な殺意を持って立ち塞がる６つの影。 他の異形とは比べ物にならない力を秘めた６人の「黒騎士」たちを相手に、駆たちは命懸けの戦いを強いられていくのだった。 それぞれにとって戦う意味は違っていたが、学園生活をいっしょに送り、ともに戦っていくうちに、かけがえのない仲間を守るための戦いへと変化していく。 壮絶な戦いの果てにたどり着く「赤い夜」の真実を前に、駆たちはいかなる選択をするのか…… 「赤い夜」の世界に侵蝕される街を舞台に、 壮絶な戦いに巻き込まれた少年少女の運命を描く大型学園伝綺、ここに開幕。