『精霊保護法』。
20年前に制定されたこの法令により、魔物たちは人間の社会へ浸透してきた。しかし、人と魔物との根本的な違いは容易に埋まらず、政府の対応の遅れもあり、凶悪テロが増加してしまった。結局、政府は関東某県の一都市まるごとを魔物の生活圏として与え、完全な自治権を認めることとなる。第壱号実験試行都市「芭流原（ばるはら）市」。史上初の「精霊指定都市（せいれいしていとし）」の誕生である。

主人公の真堂 紗希は、芭流原市在住の女の子で、父親がヴァンパイア、母親が人間というハーフヴァンパイアである。

芭流原市で起きている強姦魔事件に巻き込まれた紗希は、強姦魔との戦いの末自分に隠されていたある存在を顕現させる。「古き神」と呼ばれる異形の存在。この存在こそ、父であるヴァンパイアによって与えられた絶対的な力だった。

しかし、「古き神」の存在を快くは思わない芭流原市や政府は、サキの暗殺を計画する。こうして、サキと「古き神」をめぐる戦いが芭流原市を舞台に繰り広げられることになる。