乃木坂翔 は私立朱鷺坂学園に通っている、ごくごく平凡な学生だ。
そんな彼が日曜日にも関わらず、妹の咲姫と共に学園へ向かっているのには理由がある。
それは、人数合わせで所属している オカルト研究会 の会長であり、幼なじみでもある 泉岳寺摩耶 が、ある魔術的儀式を行うと聞いたからだ。

同じくオカ研メンバーにして咲姫の大親友である 赤羽明夢美 と合流すると、咲姫たちは連れだって行ってしまう。
やれやれとその後を追おうとした翔の前に、報道部所属の先輩・虎ノ門京子 が立ち塞がる。
今日こそ取材させてもらうと息巻く京子と共に、部室である図書室に向かおうとした、その時だった。
突然 地震が発生し、耳をつんざくような轟音に揉まれながら、翔たちは意識を失ってしまうのだった。

どのぐらいの時間が経ったのか。 意識を取り戻した翔が見たものは、地震などなかったかのように静まり返る見慣れた廊下。
しかし、彼らは気付くことになる。
校門の向こうに、地平線の彼方まで砂漠が広がっていることに……。