美少女だけどポンコツなお姉ちゃんの世話をしつつ、 周囲の女生徒たちからも一目置かれている主人公「相生頼斗（あいおいらいと）」 聞くところによれば、世界は一度、崩壊寸前の危機を迎えたらしいが、 そんな過去はすでに忘れ去られてしまったかのように平和な日常が続いている。 神族・魔族といった異世界の文化とも交流が進み、それが当たり前になって世界は退屈を取り戻した。 そんな退屈がずっと続くものだと思っていた。 そこに突然、神界と魔界のプリンセスが現れる。 「私は人間というものと決別するためにここにやってきたのです」 「貴方のお命、頂戴しますわ」 前作をある程度踏襲する導入から一転、主人公は美少女たちから狙われる存在に…。 しかし、それも実は（やはり？）ヒロインたちの恋心あってのこと。 徐々に彼女たちの心に隠されたものが見えてくることに。 ある日を境に、主人公は「神にも悪魔にも狙われている男」と呼ばれるようになってしまった。 彼は退屈な日常を取り戻すことができるのか？ 主人公とヒロインたちの新しい夏が始まる。 退屈な日々よ、ワンスモア！

家族としてプリムラを再び芙蓉家に。 そう考えた魔王と神族は、稟と楓、二人の前でプリムラの感情抑制に対する検査を行う。だがその途中、予想を遥かに上回るプリムラの魔力を覚えたての感覚制御が暴走させ、楓の精神に影響をもたらしてしまう。 バラバラに組み替えられてしまった楓の中にある様々な思い出。その結果、芙蓉楓という存在が狂い、楓はいつ目覚めるかも分からない眠りに落ちてしまった。 楓の記憶を元に戻し、楓を目覚めさせるため、稟は友人達と共に楓の精神世界へと潜り込む。 そこには二人の確かな過去があった。

物語は、とある休日に始まる。 穏やかな昼下がり、ネリネの部屋でとある魔法のアイテムを見ていた稟達一行は、樹と麻弓の起こした騒動からそれを発動させてしまう。 そして、20年前の魔界へと送られてしまう稟、ネリネ、樹、麻弓の四人。 そこで二人の少女達と出会ったことが、歴史を大きく変えてしまった。 本来ならばネリネの母とならなければならなかった少女。 その少女と魔王との重大な語らいを一つ潰してしまったことにより、未来に変化が発生。本来ならば結ばれるはずのない少女と魔王の間に、可能性を作ってしまう。 そして、その可能性による影響に巻き込まれてしまうネリネ。 このまま現代へと戻るわけにはいかない！ 四人は歴史を元に戻すべく、一致団結することになる。 大きく揺れる歴史の天秤の中で繰り返される、不思議な出会い。 そこには稟の知らない歴史があった。

——那场盛夏爱恋的延续，以及再续。 只愿抬头仰望的这片天空，美丽彩虹再次架起。—— 随着『俺たちに翼はない』的动画化而再次声名鹊起的Navel，接下来人气作品『SHUFFLE！ Essence＋』也将OVA化，不仅如此，其FanDisc同样在紧锣密鼓筹备中！ 前作中没能完全展现的After Story自然收录其中，就连之前攻略不得，难免让人遐想连绵的男装女学生会长——瑠璃＝マツリ也列入可攻略对象，Another Story就在这里！！ 而粉丝必收的诸多恋爱小插曲也定能让你乐在其中♪

Bonus disc that comes with the Limited Edition of Shuffle! Essence+ Contains 3 short scenarios.

「突然だけど、新しい任務よ」 鋼鉄の女、と呼ばれる女上司からの無情な連絡にボクは思わず身構えてしまった。 「え？ 今日からしばらく休暇に入るって言ってありましたよね？」 上司は、ボクの言葉が聞こえているはずなのに何事もなかったかのように話を続ける。 難度の高い女装潜入任務を終えようやく休暇に入れると思っていたボクの元に女上司からの冷たい通達。 しかも、王族がらみの任務だという。 一体、どんなヤバイ仕事なのか……、そう思っていたボクは耳を疑った。 「え？ ただ、学園生活を送るだけ……？」 「そうね。今渡した資料にある人間の学校……そこに生徒として編入して欲しいのよ。もちろん、『人間』として」 どうやら、神界の姫君が近々、人間界への留学を考えているようで、 その下調べに行ってこい、ということだったようだ。 潜入先は人間界にある、人間だけが通うことのできるごくごく普通の学園。 そこに一体何が……。 ボクに選択の余地は無かった。 夏には長期休暇をとって思いっきりエンジョイしよう……。 そう思いつつも、ボクは顔に出さずに敬礼したのだった。

バーベナ学園に秋がやってきた。 この夏、晴れて幼少の頃から夢見ていた頼斗と恋人同士になることができたリシア。 人間界の秋を体感しメランコリックな気分に浸る神界の姫リシアの姿があった。 「私と頼斗くんに今一番必要なもの……それはね、側室なんだよ！」 このまま、恋が愛として結実し、結婚、となったとき 頼斗と二人っきりの結婚式を挙げるべきか否か……。将来の妄想にふけるリシア。 人間との価値観の違いに悩みつつも、神界は一夫多妻制。 やはり結婚するなら一夫多妻制がいいのかもしれない！？ 頼斗に内緒で、リシアの嫁探しが開始する！！ その一方で、バーベナ学園のグラウンドに突如、謎の飛行機が出現する！ 「頼斗くんのお父さん、ひょっとしたら生きてるかも……？」 突如現れた飛行機と、その乗客だった記憶喪失の少女の登場をきっかけとして、 秋のバーベナ学園を舞台に、不思議な旅が始まる…！！