主人公が通う「皇学園」は、いま五雄藩と呼ばれる5つの学園から狙われていた。
皇学園の豊富な資金力と、この地に眠るあるアイテムを手にせんと、五雄藩は決断を迫っていた。
各々が「我が配下に加われ」と――

かつて皇学園は多くの学園らを統治し、平和な学園生活が営まれてきた。
しかし学園戦国戦争が勃発した後、各学園は数十に分裂独立・自立を標榜しはじめた。
その中でも、特に実力があると言われた学園らが五雄藩である。

実力校であった皇学園の学園総裁・美龍は度重なるバトルで重体になり倒れる寸前だった。
そんな時、とある理由で皇学園へと転校してきた主人公と出会い、身体を重ねてしまう。
すると死ぬ直前であった身体は回復し、死を免れた美龍は主人公が“日のエレメント”を持つ適格者であることを看破する。

五雄藩のいずれかと同盟を結び、学園戦国時代を終結させて欲しい――
美龍の望みを受託した主人公は五雄藩のいずれかと同盟を結び、群雄割拠の学園戦国時代に終止符を打つべく……立ち上がれるのか!?