ある夏休み、主人公、瀬川 真人（せがわ まさと）は、同じ天文部の友人、結城 樹一郎（ゆうき じゅいちろう）に誘われ、樹一郎の田舎である上郷町を訪れる。その町で、真人が出会う3人の少女―――。喫茶店『こかげ』の元気娘、芹沢 明希（せりざわ あき）。真人の宿泊する老舗旅館『みやこ』の娘で、樹一郎の妹、結城 京（ゆうき みやこ）。クールでどこか謎めいた雰囲気の少女、東絢水（あずま あやみ）。自然の豊かな田舎町で、楽しい夏休みを過ごした真人は、次の夏もまた来ると約束して、上郷町を去った。そして、次の夏休み。上郷町を訪れた真人は、再び出会う。一年の月日の分だけ、大人へと近づいた少女達に・・・・・・。