時は現代。舞台は山あいにある古風な坂の町、逢辻市。
主人公の朱鷺森秀弥（ときもりしゅうや）は逢辻学園の天文部に所属する、ごく平凡な学生だった。両親はなく、幼い頃から祖父母に育てられた彼は星の世界に強く惹かれ、逢辻学園の天文部に所属していた。天文部には秀弥の幼なじみの鳴海若菜・先輩の夏生妙子・後輩の七瀬香鈴・そして顧問代理の永倉真子先生と・さわがしくも楽しい仲間と共に天体観測にいそしんでいる。ある夜、秀弥たちは妙な輝き方をする流星を目撃する。
「ＵＦＯ？」 「人魂？」流星目撃の熱も冷めやらぬ翌日、ひとりの転校生が逢辻学園にあらわれる。冷たくも美しい彼女の名は渡部飛鳥。人と距離をおくかのような彼女の言動と、昔から秀弥を知っているかのような、その態度に主人公たちは疑問を感じながら、それでも普段の学園生活を楽しんでいく。 しかし、飛鳥があらわれてから突然、物が壊れたり、それまでそこにあった物が消失したりと、不思議なことが起こりはじめる。そして最後に独りぼっちになった秀弥の前に現れる謎の転校生。 「あなたの刻が終わろうとしています」彼女は静かにそう告げた。