名門・私立梁谷学園では、毎週風紀検査が行なわれている。
今日も早朝からスカートを捲り上げた女子がずらりと並び、風紀委員がチェックシートにペンを走らせている。
陣頭指揮を執っているのが、風紀委員長である主人公・伊杉海神（いすぎ わだつみ）。
その隣でせわしなく集計をしているのが、ヒロイン・水無月まひわ。

この学園では学生の自主管理の尊重という校風から、生徒会・委員会が絶大な権力を持ち、特に生徒会会長及び役員、各委員会委員長の権限は非常に強いものとなっている。
また、現代の社会通念から逸脱した古めかしい教育方針が幅を利かせ、特別指導と称して体罰や強制徴用も公然と行なわれている。

そんな学園内で、不可解な女学生失踪事件が起きていた。
調査に入った風紀委員長の海神は、与えられた特権と能力を巧みに使い、様々な女子学生から情報を聞き出し、事件の行方を追う。
そしてライバルである桜木颯人を擁する生徒会が、事件に関係していることを知り闘志を燃やすのだが……
しかし、事件を追うごとに見えてくる学園の深部に蠢く闇。
通称 “システム” と呼ばれるそれが、実は学園すべてを覆っていることを知るのだった。