2005年。日々近代化が進み行く東京、ある日の日比谷公園で行き倒れていた浮浪者のコートのポケットの中から神代文字が書かれている紙切れが発見された。紙切れに書かれていた村に向かった民俗研究家の橘は消息は絶ってしまう。
澤田は断片的に現れる情報に導かれるようにして、調査を進めていく。 ・・・戦時中、帝国軍は"天の磐船"伝説を利用した戦艦を建造し、苦しくなった戦況を覆すべく計画を建てていたという。 軍人との間に生まれた子供らは、帝国軍の意志を継ぐべく"天の磐船"の復興、それによる米国への復習計画を進めていたのだった。 政界の黒幕で、"天の磐船"復興計画に携わっていた軍人の生き残りである渡邊。 彼は、衰退した日本を復興させるべく"天の磐船"伝説にある"力"を手中に収めようと考えている。 そのことに薄々気が付いていた内閣総理大臣が反乱を食い止めるべくチームを編成した。 澤田は運命に導かれるように、"天の磐船"伝説とそれを求める人々の織り成す渦に巻き込まれていくのであった。