「どんな願いでも叶うなら、あなたは何を願う？」

四方を海に囲まれた水の都 『天洲（あまのしま）アイランド』。
街中の至る所に張り巡らされた水路が特徴的で、多くの観光客が訪れている。
飲用から電力転換まで可能な万能資源 “エネルギー水” の産業により街は繁栄し、これを研究するための学園も建てられている。
そんな不思議な島には昔から、“水を司る神様が人の願いを叶える” という伝承が残されていた。

ある日、主人公の成海悠真は、なぜかトランクに詰められた状態で海岸に流れ着く。
まったく覚えのない島をさまよっているうちに一人の少女と出会い、なんと彼女は伝承に語られる “鯨神” だと言い張ってきた。
しかし本来あるはずの “願いを叶える力” が何らかの理由で失われており、力を取り戻すために助けを求めてきたのだった。

こうして、成り行きから悠真は鯨神の御使いとなり、島で出会った仲間たちと共に “ねがい水” の伝説を今再び呼び起こす物語が始まった。

彼らは最後にどんな願いを叶えるのか――？