ファルケとシルヴァによるゲート計画は魔法戦士たちにより阻止され、
メッツァーの解放を企図したその二人や魔物たちも何処かへ姿を消し、世界は一旦平穏を取り戻した。

魔界から地上への侵攻に危機感を感じた百合瀬莉々奈は、国際教導学園を買い取り、
魔法科プログラムを導入して、素養のある生徒を未来の魔法戦士として育成する計画を進める。
沢渡継はそんな国際教導学園の通常課程から、成績優秀者として魔法科へと昇格、
そこでクラスメイトの真咲百果と、生徒会役員である裁明寺紫鶴と出会う。
当初は魔法の授業などついていけるわけがないと思っていた継だったが、不思議と全てが理解できた。

そんなある日、『ココノ・アクアの代行者』と名乗るノエルという少女に出会った継は、
厳重に立ち入りが禁止されている、とある施設へ連れて来られ、
そこで、魔法戦士を生み出すことができるという「聖涙石」と呼ばれる　宝石のかけらを手に入れる。
ノエルから、「あなたには世界を支配するための特別な血脈が流れている」と聞かされ、
この力を使って自分の手駒となる魔法戦士を作り出し、世界を支配するよう促される。

そしてある日、継は魔物に襲われた百果と紫鶴に力を与え、『魔法戦士』へと生まれ変わらせる。
野心に目覚めた継は、新たに生まれた二人の魔法戦士たちを操りながら、今までの魔法戦士たちに戦いを挑むことを決意した―