場所は日本。平和そのものの街にある学校。そこへ通う如月巴弥は、何処にでもいる様なごくごっく普通の女の子。
背も胸も平均的な同学年の少女たちよりも小さいが、それがマイナスに働かないのは彼女の容姿がそうさせるのだろう。少し違うとしたら、それは彼女の人を寄せ付けない雰囲気。他人と交わろうとするのを拒み、一人でいることを良しとした。周りの和気藹々とした雰囲気に馴染まず、巴弥は一人の世界を作る。にも関わらず、そんな彼女の周りは必ずしも人が寄って来ないわけではない。
やはり、少し普通とは違う雰囲気に男子生徒たちは引かれ、こぞってやってくる。
毎日のようにコクられる日々に、巴弥は心底…。
「…ウザい」と思った。
そんな当たり前の日々を過ごし、当然のように終わると思えた生活。それを一気に覆す大事件。空から落ちてきたブタだかウサギだか、良く分からないモノをモチーフにしたぬいぐるみ。しかも、このぬいぐるみ、喋るのだ！あまりに現実から離れた出来事は、彼女自身をも非日常の世界へと誘う。
ぬいぐるみの正体は、世界最高の魔法使い。彼のことを追って、現れる悪の組織。巻き込まれる学校の生徒や教師。
え？　あたしには魔法使いの資質が備わってる？　今、この学校を救えるのはあたししかいない？　それがどうしたっての？　そんなのあたしの知ったことじゃない！
そう思いつつも、クラスのみんなが巻き込まれていくのを見て、巴弥の心に火が灯る。
ぬいぐるみから渡された鍵を手に、巴弥は決意の言葉を唱えた。桃色の魔力光を放ち、ここに新たな魔法少女が誕生する！
「やっぱ、面倒」
が、本人にはやる気がなかった。大丈夫なのか、この街？　巴弥よ、キミに街の命運が掛かっている!!
…かも。