壁川町にある、全寮制の学園。
そこでは夏休みを前に、新型 咽頭結膜熱（いんとうけつまくねつ） が流行っていた。
病状が治まったのは夏休みの前日だが、体内にウィルスが残っている可能性があるため、感染した学生たちは学園に2週間残るように言い渡された。
せっかくの夏休みなのに外出禁止をくらった学生は5名。
その中の1人の当麻進は、くだらない理由で部屋を追い出され、深夜に敷地内を散歩していた。
その最中に、体育館の裏でいきなり、謎の少女にスコップを喉元に突きつけられ……。

学園に残った女子学生たちはみんな背が低くて幼い外見。
なぜ、そんな学生ばかりが残ってしまったのか……。
学園の謎と自分たちの謎に近づくにつれて、幼いことの意味がわかってくる。
女の子が幼いってどういうことなんだろう？　どうして幼いんだろう？　……きっと、幼いことには意味がある。

閉鎖された学園での共同生活。
廃墟と少女。
セミの声。
巨大な入道雲の夏。
終わりのその先の先の物語。