『迎撃都市グラセスタ』 かつて西方史に深く刻まれたサマラ魔族国の亡地 地下迷宮『黒の抗』の上に築いた東ゴーティア王国の王都。 『大封鎖地』の神聖結界を護らんとする光神殿側が 魔族最強国の精鋭と激しく衝突しあう要衝であり 兵の損耗率を大量に人員調達することで補い 他国から売られてくる奴隷や 名声と財貨を得ようと欲す傭兵たちが集まる 一攫千金の都市へと变貌していった。 敗殘兵の奴隷としてグラセスタに送られた主人公 『ジェダル·シュヴァルカ』は、自由を勝ち取るために 歪みの残る大封鎖地へ赴くことになる……

数々の英雄達に自らの肉体を狙われながらも、英雄達の力を吸収して生き続け、大きく狂った歯車の真相を目指していく主人公・セリカ。 本作では、その主人公・セリカが神殺しに至った物語の序章とも言える重要なエピソードが描かれる。 シリーズ続編という形をとっていないので、「戦女神」シリーズをプレイしたことのないユーザーでも楽しめる作品となっている。また、旧作での盟友である魔神ハイシェラが剣に封じられるまでの経緯や、「ディル＝リフィーナ」の世界といったマニアックな物語がより詳しく描かれており、プレイ済みのユーザーはより深く「戦女神」シリーズの世界を楽しむことが出来る。 戦闘システムは前作『戦女神II』のフレームバトルシステムを継承しつつ、より操作性を重視したものとなっており、その他の自由に能力値を上昇できるキャラクターの成長や召喚魔法、アイテム合成なども、さらにパワーアップしている。

封印されていた古神シュヴェルトライテを撃退してから半年後…、不思議な鈴の音色を聞いた。その翌日、同盟関係にある水の巫女から「古神七魔神の封印を調べてきてください」と依頼を受けた。 古神七魔神とは、その昔古神帝国を築き上げ、支配者として君臨していた魔神。現在は、撃退され各地に封印されている。…はずである。セリカは新たなる戦いの予感を感じる。“神殺し”としての宿命なのか…。 盟約であることからも、早速、セリカに仕える4人の使徒と騎士レヴィアを連れ、魔神封鎖地へ向かうのだった。

魔神と人間の血を受け継ぐリウイ・マーシルン。彼は幼少時代、メンフィル王国の街で母親と細々と幸せに暮らしていた。しかし、リウイが魔人病に冒され、魔神の血をひくことが分かってからは、迫害がはじまる。そして、未開の森へ逃げ落ちたところで、母親は力尽きてしまった。 母親が死んでからは、魔人病を克服するためには魔族として生き長らえなくてはならないので、父親である魔神グラザのもとで暮らし始めた。人間族との干渉を嫌っていた父は復讐を決して許さなかったが、リウイは復讐のための鍛錬に明け暮れていた。 そんな中、父親が飽くなき名声を欲するままに乗り込んできた人間の勇者によって殺された。リウイは故郷メンフィルを滅ぼすため闇夜の眷属を率いて残虐の限りを尽くすことを誓うが、彼の前に立ちはだかったのは、人間としてのもう一人の自分だった・・・。

魔族の血を引く「半魔人」のリウイ・マーシルンは、人間族の暴力と勇者の侵略により両親を失った。 その復讐を終えてから四年……。 リウイが治めるメンフィル王国は、苦難の末に周辺国の封鎖を解除し、和平へ向けて動き始めていた。 しかし、カルッシャ王国へ赴いたリウイは、宮廷魔術師テネイラ殺害の罪を着せられてしまう。 心の中の光と闇に翻弄されながらも、王としての決断を迫られるリウイ。 寄り添いリウイを見守る王妃イリーナや、互いに敵味方となり戦に身を投じる戦士や姫達。 『幻燐戦争』 後にそう呼ばれる戦いは、カルッシャ王国の姫将軍、そしてリウイに秘められた真実へと至るのであった……。

緑豊かな大地、グレイスメイルに現れたひとならざる者「イグナート」。 魔人とエルフの王国ルア=グレイスメイルの間で長きに渡る戦争が続いていたが、ついに王国は破れてしまう。 停戦に差し出された条件は『ルア=グレイスメイル統治権全権』『王女「シルフィエッタ・ルアシア」』のいずれか。 国と家族を愛するシルフィエッタは、祖国の平和の為に自らイグナートの城へと赴くのだった。

故事发生的地点是独立都市密尔菲(ミルフエ)，一座沿海的港城。这里盛产海产品和矿石，而且作为交易的中继地，其商业也相当繁荣。 这一天，城中来了一位不同寻常的人物，他的名字是塞利卡·西鲁菲尔(セリカ·シルフィル)，虽然性别是男性，但却拥有部分女性特征。他的不寻常在于他是个背负着“弑神者(神杀し)"称号的人，这个称号象征着永恒不灭的生命以及强大无比的力量，同时也是为所有的神与人恐怖的存在，是他们极欲铲除的敌人。 几十年前，因为某种理由主角与一位古代女神阿斯托莱雅(アストライア)对决，最后居然战胜了拥有绝对力量的女神，但因其肉体受到致命的创伤，于是便将女神的灵魂封禁，夺取了女神的身体以继续生存。 主角战胜的女神属于古神一族，与当今人们信奉的新神相对立，但不变的是他们都是神，对于拥有战胜神的力量，并夺取了女神的身体继续生存的主角塞利卡而言，他是所有神和他们的信徒的敌人，他们称他为"弑神者(神杀し)"，视他为必须毁灭掉的一种令人畏惧憎恨的存在。 在这种背景下，主角的生活成为了一场持续不断的灾难，他不得不在其他的神与信徒的围攻下，杀出一条血路，四处逃亡。新的袭击还会不断到来，但他也只有继续厮杀、逃亡。这样的生活延续了几十年。终于在十几年前，主角与大国雷薇尼亚(レウイニア)信奉的唯一神"水之巫女(水の巫女)"结为同盟，获得了一处安居之地。 现在，塞利卡(セリカ)做为客将居住在雷薇尼亚(レウイニア)，为同盟者"水之巫女(水の巫女)"效力。这一次他带着女仆朱里(シュリ)来到这里，准备与雷薇尼亚(レウイニア)的女将军蕾比娅(レヴイア)会合，共同完成一项任务，但他却晚到了三天，只为了游山玩水，惹怒了蕾比娅(レヴイア)。 在一个月前，雷薇尼亚(レウイニア)遭到邻国艾迪卡努(エデイカーヌ)的侵略，在战斗中，蕾比娅(レヴイア)率领的白地龙骑士团和主角遭遇了敌方魔术师召唤出的巨大龙形恶魔，这只恶魔拥有堪与整个国家的军力相匹敌的力量，所以这场战斗极其惨烈，众多的兵士战死，主角也丧失了神的力量。不仅如此，一班不了解状况的贵族，还在战后指责蕾比娅(レヴイア)指挥不力。在这种背景下，主角的同盟者"水之巫女(水の巫女)"给了他们这项任务，借机让他们离开形势尚不稳定的国内，到这个偏僻的港城来"疗养"。 主角他们要完成的任务，是找出十八年前失踪的雷薇尼亚国(レウイニア国)第四王位继承人，王女拉媞娜(ラテイナ)，让她作为政治联姻的工具。王女最后被目击的地点，就是这个港城密尔菲(ミルフエ)，到这里后所获得的线索，指向了城市旁边的废矿坑。随着探索的不断深入，这个废坑的真实面目和当年王女失踪案的真相也渐渐浮现出来。 塞利卡不会想到，这一系列事件的发生与自己有关。 十八年前的一天，当自己再一次从神与人的围攻中生存下来，证明了他是真正的强者时，那昂扬的姿态，印刻在一个窥视者的眼中，煽起了他灵魂中的欲望之火，他也想成为这样的强者。这个人就是阿比尔斯(アビル-ス)，本是艾迪卡努国(エデイカーヌ国)的高级魔法师，但从那一天起，他就失踪了，接着，雷薇尼亚国(レウイニア国)的王女拉媞娜(ラテイナ)也下落不明。 阿比尔斯(アビル-ス)掳劫了王女拉媞娜(ラテイナ)并将她带到矿坑的深处，这个矿坑可以通向一座封印着邪神的迷宫，阿比尔斯(アビル-ス)准备将具有高贵血统的拉媞娜王女(ラテイナ王女)作为祭品，解除邪神的封印，然后占据邪神的肉体，以达成自己的野望。但就在仪式即将完成时，作为封印守护者的天使伊尔扎朴(イルザーブ)前来干涉，导致封印的解除失败。为了与伊尔扎朴(イルザーブ)对抗，阿比尔斯(アビル-ス)不惜打开了禁忌的魔界之门，涌出的魔物充斥了地下迷宫和矿坑，导致矿山停产，成为一座废坑。 后来，与拉媞娜王女(ラテイナ王女)订立了婚约的罗伦(ロ-レン)，在长久的搜寻恋人的历程中，终于找到这里，他不惜将灵魂打上黑暗的烙印，以换取强大的力量抢夺了祭坛。此时，王女的魂魄已经被邪神吸取，但封印并没有被打开，只有泄出的一部分神力使王女的身体永不腐坏。罗伦(ロ-レン)与沉睡不醒的恋人厮守着，期望有一天能获得将她唤醒的力量。 之后的十几年里，三股力量在废坑中对峙着，但终局的时间已临近，落幕的钟声敲响了，他们都听到了一个号称"神杀し"的男人的脚步声。

ラウルバーシュ大陸の西方と中原の境目に広がるクヴァルナ大平原。 ここは神々の盟約により亜人間の領域として 数千年にも及ぶ平穏と文化を築いていた。 ある時、平原南東部を管理する神に近き者『神の戒土(かみのかいど)』は 絶大なる力と知識を継承する者の育成を宣言し、 近隣一帯に対して聖地『終の御祠(ついのごし)』の門戸を開いた。 後継者候補にはこれまで立ち入ることの認められなかった 封鎖領域の探索や神の戒土が持つ能力の継承などの特権が与えられ、 厳しい試練を乗り越えていくこととなる。 その呼びかけに種族や宗教の枠組みを超えた若者達が集結し、 若き人間族の研究者エルドも叡智と未知との遭遇を求めて故郷を後にした。 後継者はたった一人……。名誉、叡智、力、富、故郷の期待を胸に 熾烈な競争が始まろうとしている……。