長く険しい冬は終わりを告げ、春の到来——。 桜の咲く麗らかな日が続く春休み。主人公、瀬真颯太朗は、今日も部活に精を出していた。 彼は黄昏部の一員として、生徒会の指示のもとライバルの新生会と競い協力しながら日々、学園のために奔走している。 それはあの三学期が終わっても変わらない。 気が向けばみんなで桜の有名な桜雲区へお花見旅行に行き、またある時は新たな恋の予報に右往左往。 果てには、みんなで異世界に誘われて世界を救う。 ......彼らに託された秘密の解明と青春の旅路は、まだまだ終わることはなさそうだ。 そんな慌ただしくも楽しい毎日が続く中、海外のお偉い機関から学園へ、一人の監査官が派遣された。 彼女の名前は天雨リリエト。みんなは可愛い後輩ができたと喜んでいたが、その子は開口一番にとんでもないことを宣言する。 「学園を堕落させる根幹、黄昏部を解体します！」 そして、同じくして生徒会の顧問を更迭、健全な学園へ業務改革します。 突然のことに学園内は震撼し、再び主人公たちは窮地の騒動に巻き込まれることとなるのだった―――。

冬の寒さも峠を越え、春が待ち遠しくなる三学期―― 臨海都市・湊十（みなと）区にある成稜学園は、 最新の設備と自主性を重んじる校風、偏差値が高くて男女比が 4対6 という人気の進学校。 そこでは 1年前より、生徒会 と 新生会 という学生組織が新旧の制度を主張しながら学園を管理していた。 主人公・瀬真颯太朗（せま そうたろう）は、そんな成稜学園の2年生。 生徒会側が管轄する、ワケあり学生が集められた “黄昏部” に所属している。 主な活動内容は、学生のお手伝いから他愛ない探し物、揉め事の調停から風紀執行部とのいざこざまで。 憧れの生徒会長と登校したり、美人部長とおしゃべりしたり。 慌しくも気楽な日常を送っていた。 そんなある日、颯太朗のもとに差出人不明の手紙が届く。 「これから起こる度重なる問題を、キミは解き明かすことができるかな？」 時を同じくして、学園に1台のヘリコプターが来訪。 それから黄昏部には様々な厄介事が舞い込んでくるようになるのだった。 生徒会と新生会の折衝、雪桜の舞う場所や、謎めいた時計塔、 そして一部の者たちだけが使える不思議な能力。 この街に深く眠る、いくつもの 秘密（アリスグラム）たち。 果たして颯太朗は、それらを全て解き明かすことが出来るのだろうか――。