这是在『PENDULUM』之后发生的故事。 Circulars的余党也减少了，世界外表上似乎恢复了平静。 但是在某天，纯白的Circulars突然变成漆黑色，化为恶魔。 委身于膨胀的破坏冲动的漆黑恶魔——EvilLized瞬间布满了整个世界。 Magus Order虽然在前线持续奋战，但在EvieLized的压制下处于下风。 在这时候，渡瀬連因为魔力过强的缘故进化成Circulars， 紧接着又准备“进化”为EvilLized。 此时天王寺沙耶香封印了連让他进入假死状态，成功阻止了他恶魔化。 但是，連拥有的强大魔力在今后的战斗中是不可或缺的。 沙耶香所想的苦肉计是…… 「对不起。让你成为只能够战斗的人偶……」 在培养层中，少女── 澪慢慢张开了眼睛。 作为身体内隐藏着渡瀬連的灵魂与魔力的战斗人偶。 生存的目标只被设定为是打倒EvilLized的少女・渡瀬澪 与同伴们一起投身到惨烈的战斗之中——。

冬天的某日，突然发生了人变身为异型怪物屠杀人类的事件。 与人类相差甚远的外貌，拥有闪耀的翅膀， 头上拥有光环的令人想起天使的身姿。 人变成天使袭击人。 仿佛预示了人类的末路。 率领着人类化身的妖怪的4头怪物『弗赫路斯』， 各自都带着亚伯拉罕的天使之名。 他们从哪里出现，为了什么目的袭击人……统统是个谜。 但是慢慢地，那些令人畏惧的存在扭曲了人类的世界。 虽然不明显，但却是事实。 为了从怪物们带来的灭亡中拯救世界， 以对抗异形为主的魔法战士养成机关成立了。 以担任学园教师的主人公为视角…故事开始。