三年前に死に別れた最愛の妹。
あるはずのない再会から始まった「ゆかり神社」での不思議な共同生活・・・・。

人とはちょっと違うモノが見えてしまう以外はごく普通な主人公。しかしそれゆえ、世間から異端の目で見られることも多く、彼の唯一の救いは妹の「こま」の存在だった。

・・・しかし、その「こま」は今はいない。
主人公を守るため3年前に死んでしまったのだ。人生にちょっと疲れて訪れたひなびた田舎町、生業としている絵をのんびりと描く地を探してやってきた。そこで出会ったのが古い寂れた縁結びの神社。その縁結びの神社に祭られている御神体は死んでしまった「こま」に瓜二つだった。縁結びの神、である「由(ゆえ)」は主人公の願いである妹との再会をかなえるため、ご進退にこまの魂を封じ込めこまは再び主人公の前に姿をあらわす。

そこに主人公を兄と慕う許婚「燕子花 こりす 」や刀の精やメイドの幽霊などおかしなメンバーが自然と集まり、共同で暮らすことに・・・・。 片田舎の寂れた神社で突如訪れたにぎやかな家族のような生活をはじめる主人公。しかしそんな主人公を思いがけない出来事が襲う事になるのだった・・・・。