『黒列車』が地球全土にばらまいた怪獣たちにより、
人類が絶滅寸前まで追い込まれてから200年後。
日本は“学園”という対反現実組織によって復興を果たしていた。

しかし平和な世界の裏には、必ず闇が潜むものである。
“魔術師”と呼ばれる真理の為に人道を無視する不法の輩が居た。
主人公――崩月槐は、“魔術師”であり、人類の敵である。

『息子よ、“学園”に潜入し、生徒会長・夜乃桜を暗殺せよ』

父に命じられ、槐は驚愕する。
槐は今まで魔術の研究漬けの日々で友達も0人。コミュ障で世間知らず。
“学園”に普通の生徒として潜入なんて出来るわけないからだ。

けれどそれ以上に『夜乃桜』という名前に驚いた。
つい先日に槐が一目惚れをした――初恋の少女の名前だったから。