《薄樱鬼》的故事发生在日本幕府末期（公元1695年），主人公雪村千鹤来到京都寻找失去了联系的父亲。初来乍到，就被街头的小混混们纠缠，最后被一批穿着浅黄制服的人所救。但是小幸中的大不幸，因为这个组织也是见不得光。为了封口，千鹤被软禁了起来。与他们一起行动。不过随着相处时间的增加，千鹤渐渐开始习惯。这个被称为新撰组的组织虽然很神秘，而且成员形形色色。但是却和自己的父亲有着千丝万缕的联系。而时代的车轮继续在转动，千鹤面临的是时代的大动荡。幕府方面为了继续掌权，也成立了各种组织。并且千鹤也成为了他们的目标，随时面临被暗杀的危险。而日本各地倒幕的风潮愈演愈烈……