《发明工坊3：苍之巨神》延续前作精神，故事背景设定在战事结束后，经济开始蓬勃发展的“福克拉姆帝国”，一座专门以教育与研究并行的复合式教学机构－“帝国青少年学院”里头展开，全新的美少女们－霸道的“帕西亚迪文明研究会”会长“阿玛妮卡”，老是妄想征服世界与赚大钱，和拥有天使般纯洁心灵的“梅尔”、喜爱钻研考古学的“艾尔娜”、老是被阿玛妮卡欺负骚扰的“莉耶”，以及神秘却身材超优的美少女“卡露”等，在阿玛妮卡的胁迫下，一行人浩浩荡荡地往地下城遗迹出发。 在地下城冒险时，不免会遇到战斗场面，这时将以小队为操作单位，游戏设定一支小队有3位队员，最多可以组成6支小队，在地下城移动时，小队最前面的成员速度值将会影响地下城的战斗、武器的射程和攻击力……等，因此了解每位成员的特色，安排移动与打斗顺序，将会成为致胜的关键。 为了维持研究会的运作，“名声”和“资金”也是玩家要注意的地方，若是将到手的宝物交付给正规机关，就可以获得较高的“名声”，卖到黑市的话，则可以获得较多的“资金”，但是名声会相对降低。不过满脑袋只想到钱的会长，除了卖宝物之外，也会命令其他成员在地道打工、贩售商品，或是担任志工等课外活动来获得“资金”与“名声”。 《发明工坊3：苍之巨神》人物设定与前作相同，同样由日本大师级原画师“驹都英二”负责，为了配合剧情与地下城刺激的战斗画面，用色鲜艳大胆，让人一眼就能感受到全新的美少女们活泼与奔放不羁的个性。声优阵容也十分坚强，像是神田朱末、大冢明夫、日高纪子、落合右里香、茅原实里等，都是在多款动漫、游戏大作中担纲重要角色的高知名度声优，也为《发明工坊3：苍之巨神》注入更高期待。

世界統一戦争の後、荒廃の一途をたどっていた空中王国・ネオスフィア。今や「神聖王国」と呼ばれていた頃の面影は無く、地上との交通・交易手段であるEシップの便数も減る一方であった。 王国の最高意志決定機関である元老院はその手腕を以て王国の再建に当たらせるべく、伝説の古代文明技術「Eテクノロジー」を復活させた稀代の天才発明家プロスペロ・フランカを招聘することを決議しプロスペロの許へ召喚状を送るが、その慇懃無礼な召喚状に応じて王国へやって来たのはプロスペロの孫娘・ナノカであった。元老院議長・グリャマンはこんな小娘に何が出来ると怒りを爆発させるが、ナノカは王国内で誰も修理が出来なかった幼き女王・エリンシエの両親の形見であるアカハナ・アオヒゲを修理したことをきっかけにエリンシエからの勅命として王国の再建を要請される。

かつて海上の一大交易拠点として繁栄を誇り「海の宝石」と讃えられていた海上移動都市トリスティアは、11年前に発生したドラゴンの襲撃を転機にさびれる一方であった。街の人々はかつての繁栄を取り戻すべく、伝説の古代文明であるパシアテ文明の技術「Eテクノロジー」を復活させた稀代の天才発明家（工房士）であるプロスペロ・フランカに街の再建を依頼するが、トリスティアへ派遣されたのはプロスペロの孫娘であるナノカ・フランカであった。