三种力量（愿望）编织着思念……

星震战争——
这是过去一场发生在由星煌教会领导的人类与魔眷属（Diablo）之间的、惨烈到了在后世被流传为“震动了天上星”的战争。
在那场战争中，人类勉强取得了胜利。其中有人死去，有人受伤，还有人成为了英雄。知道成为英雄之人在这之后的事迹之人寥寥无几。英雄中的其中一人虽然曾经使某一个国家振兴，但那个国家最终因为内乱而瓦解。
然后，时光飞逝——至今。
鲁因斯特拉（ルインステラ）学园。坐落于星皇所统治的魔法世界·林斯威尔（リーンスヴェル）共和国首都·鲁巴路（ルヴァール）的这座学园，作为与星煌教会相关的教育机关，是一座面向国内外众多学生的名门学校。
入学于这个学园的，（除了是魔法领域的差生这一点以外）极其普通的一个学生“カズマ·ブリード”。
某一天，他偶然发现了藏匿于学园中的3座MAGI（贤者）之像。这不会就是自古以来流传于学园传说之中的能够赐予人“伟大的力量”、“无垢的灵魂”以及“永远的生命”的奇迹的神造之物吧。这么想着，カズマ不知不觉中将嵌在各自贤者之像中的3颗宝珠取了出来。
在那瞬间。
宝珠被吸入主人公的身体，从破碎四散的贤者之像中出现了3个女孩。
然后3座贤者之像所包围着的空间发生了扭曲，出现了…4，…5，…6个带有不详气息的影子。其中的一个影子袭击向カズマ。
3个女孩中唯一一个觉醒了的女孩与カズマ合力万分惊险地打败了影子，可是却被它逃走。女孩也气息奄奄。
据其所说，失去了借以维持身体的宝珠的力量的她，只有通过与吸收了宝珠之人订立“契约”才能继续存在下去。
一点点地交换了“暂时契约”之仪式的カズマ，因为内疚于夺取了宝珠之事，决定与三个女孩“ミュー”·“ヴィナ”·“リズ”一起踏上打倒影子之途。