兽医志愿的大学生、槙原愛是只有女孩子（废话……）的女生宿舍「涟漪宿舍」的法律上的管理员。 对小时候失去了双亲和家人的她来说，涟漪女子宿舍和住在里面的居民虽然说都会迎来分别的一天，但却是重要的，无可替代的宝物。 以及在愛成为社会人之前的监护人・作为涟漪女子宿舍的管理员一起居住的是父系的远房亲戚槙原神奈。 每天就像是战斗一样照顾有着各种怪癖的居民的神奈得到了来自愛的从以前起就想去的为期两周的香港旅行的礼物。 虽然愛提出这段期间自己来当管理员，但神奈很担心愛，所以将自己的外甥槙原耕介（玩家／主人公）叫到涟漪宿舍充当自己的代理。 故事将在耕介来到涟漪宿舍的时候开始……。

居住在关东地区的都市、海鳴市的相川真一郎。他作为風芽丘学園的学生度过着平淡的平稳日子。 在从小学时起就认识的青梅竹马鷹城唯子、野々村小鳥，以及朋友们的包围下度过着算是有意义，又算是很随便的学校生活。 虽然没有什么特别的不满，但是没有新鲜事物，也没有热衷的事情，也没有目标，一切都显得很暧昧的日常。 ——在那时，学妹井上なな提出了一个疑问。 ……「不交一个女朋友吗？」……。 虽然是微不足道的一件事，但是他产生了有什么将要开始的预感。 他开始认真地去想要谈一起恋爱……。

「三角心3」一年后……。 私立聖祥附属的三年生・高町奈叶(主人公)是随处可见的普通女孩。 奈叶度过着平稳的生活，但是某天，与来自异世界・米德切尔达的神秘少女・琳蒂的相遇让她的命运的齿轮开始转动。 被琳蒂请求回收吸取人的记忆为力量的水晶「 IdeaSeed」的奈叶接受了她的请求，被交付了能自由自在地操纵魔法之力的手杖「旭日之心」，变身为魔法少女。 就这样，奈叶被卷入了围绕着IdeaSeed的不可思议的事件之中，今天也依旧以开朗活泼的魔法少女的身份活动…。