普通に起きて、普通に学園に通い、普通に勉強して、普通に遊んで、普通に趣味のゲームや読書をしてから眠りに着く。
主人公はそんな退屈な生活を送る、ごく普通の少年だった。
そんな彼だったが、国民的大ヒットネットゲーム「アルファ」と出会い、退屈な日々が一変する。
眠る時間以外の全てがアルファ。睡眠時間は学園で確保。生活の全てをアルファに捧げるようになっていった。
最初はヒット作の情報源として重宝していた友達も、あまりにハマった彼を遠ざけるようになる。幼なじみも、気さくだった学園のアイドルも、おせっかいな風紀委員も彼に話しかけることはなくなっていた。
それをいいことに、さらにアルファの世界に没頭する主人公。同じく夢中になった仲間たちと、ゲーム世界では『神プレイヤー』とあがめられる存在にまで上り詰めていく。

そんな彼らのパーティに、ある日ゲームマスターから「特別ミッション」が与えられる。
同じく名の知れたプレイヤーと一緒にミッションをクリア。
徹夜し空は白んでいたが大きな達成感。だが、その後に響いた声は、主人公たちに絶望を与える。

「アナタハ、アルファニ、ハマリスギ」

なんと、苦労して育てたアバターが、運営の一存によりデリートされてしまったのだ。

「俺の３０００時間を返せー！！！！」

叫び虚しく、キャラクタはデリート。
主人公は魂が抜けた状態になり、それ以降は何をするにもうわの空な日々を送ることに。

そんな魂の抜けた主人公の前に突然「民政員」と名乗る美女が現れ、こう告げた。
「あなたには、これからある更生プログラムに参加してもらいます」
意味も分からず、説明を受ける主人公。
それはネットゲームに夢中になり過ぎた人を構成するプログラムだという。
大切なキャラクタを消され、怒りをあらわにする主人公だったが、最後の一言が決め手になった。

「プログラムを成し遂げた暁には、あなたのキャラクタを復活させましょう」

矛盾する提案とは思ったが、なによりもキャラクタを返して欲しい主人公は、二つ返事で参加を了承する。
果たして「更生プログラム」の正体とは？
主人公はアバターを取り戻しネットゲームライフを満喫できるのか？

新たな日々に主人公は身を投じていくのだった。