魔神と人間の血を受け継ぐリウイ・マーシルン。彼は幼少時代、メンフィル王国の街で母親と細々と幸せに暮らしていた。しかし、リウイが魔人病に冒され、魔神の血をひくことが分かってからは、迫害がはじまる。そして、未開の森へ逃げ落ちたところで、母親は力尽きてしまった。 母親が死んでからは、魔人病を克服するためには魔族として生き長らえなくてはならないので、父親である魔神グラザのもとで暮らし始めた。人間族との干渉を嫌っていた父は復讐を決して許さなかったが、リウイは復讐のための鍛錬に明け暮れていた。 そんな中、父親が飽くなき名声を欲するままに乗り込んできた人間の勇者によって殺された。リウイは故郷メンフィルを滅ぼすため闇夜の眷属を率いて残虐の限りを尽くすことを誓うが、彼の前に立ちはだかったのは、人間としてのもう一人の自分だった・・・。

魔族の血を引く「半魔人」のリウイ・マーシルンは、人間族の暴力と勇者の侵略により両親を失った。 その復讐を終えてから四年……。 リウイが治めるメンフィル王国は、苦難の末に周辺国の封鎖を解除し、和平へ向けて動き始めていた。 しかし、カルッシャ王国へ赴いたリウイは、宮廷魔術師テネイラ殺害の罪を着せられてしまう。 心の中の光と闇に翻弄されながらも、王としての決断を迫られるリウイ。 寄り添いリウイを見守る王妃イリーナや、互いに敵味方となり戦に身を投じる戦士や姫達。 『幻燐戦争』 後にそう呼ばれる戦いは、カルッシャ王国の姫将軍、そしてリウイに秘められた真実へと至るのであった……。

数々の英雄達に自らの肉体を狙われながらも、英雄達の力を吸収して生き続け、大きく狂った歯車の真相を目指していく主人公・セリカ。 本作では、その主人公・セリカが神殺しに至った物語の序章とも言える重要なエピソードが描かれる。 シリーズ続編という形をとっていないので、「戦女神」シリーズをプレイしたことのないユーザーでも楽しめる作品となっている。また、旧作での盟友である魔神ハイシェラが剣に封じられるまでの経緯や、「ディル＝リフィーナ」の世界といったマニアックな物語がより詳しく描かれており、プレイ済みのユーザーはより深く「戦女神」シリーズの世界を楽しむことが出来る。 戦闘システムは前作『戦女神II』のフレームバトルシステムを継承しつつ、より操作性を重視したものとなっており、その他の自由に能力値を上昇できるキャラクターの成長や召喚魔法、アイテム合成なども、さらにパワーアップしている。