両親の度重なる転勤で友人に恵まれなかった浅間雪矢。
彼は両親の海外赴任に反対して、叔父夫婦の住む田舎の学園へ転入することを決める。

そして、電車で何時間もかけて到着した宝泉守町。
雪矢は森で道に迷ってしまい、森のヌシと呼ばれている大妖怪に助けてもらうのだった。

翌朝、雪矢のもとにヌシ様の代理を自称するタヌキ妖怪・ショージが現れた。
彼は、ヌシ様の願いを聞く約束を交わしていた雪矢に 「契約を果たせ」 と詰め寄る。
契約の内容は、“妖怪たちの悩みを解決する” こと。 つまり妖怪たちに振り回される日々が始まるのだった。

ヌシ様の力で妖怪が見えるようになった雪矢は、おかげで転校したばかりの学園で失敗ばかり。
一人で喋っている不気味なヤツと思われたり、妖怪のイタズラを阻止しようとして碧を押し倒してしまったり。
今度こそ友人を作りたいと思っていたのに、散々なことに……。

クラスメイトには、まったく超常能力の無い巫女・紬と、霊媒体質で気配を感じるがゆえに凄い恐がりな碧、
ヌシ様の面影がある巳凪など個性豊かな女の子たち。 さらに都会に憧れる従妹・杏菜も雪矢に懐いてくれる。
そして、妖怪の住む鎮守の森に興味を持つ、拝み屋の晴歌とも出会う。

雪矢はそんな彼女たちと暮らしながら、妖怪たちの依頼もなんとかこなしていく。
やがて念願だった友達もできて、宝泉守町に溶け込んでいくのだが……。 しかし近代化に伴い、再開発の波が妖怪たちの住む森に迫ってくる。
雪矢は仲間たちと共に、鎮守の森を守るために奔走することになるのだった。

妖怪と人間が共存する田舎町。
これはそんな妖怪たちに好かれた、とある学生の心温まる物語……