皇下8公12将を束ねし「帝国」、周囲の諸小国達が恐れる強大な軍事国家である。
ある日、その帝国軍内に一つの諜報がもたらされた。

「諸小国ガ内一ツニ、民間偽装シタ軍事訓練施設ヲ発見セリ」
その小国とは寡兵にて歴史的大敗をきっした小国「ジュラヴリ共和国」。
「姫将軍」と呼ばれる女性将軍が軍を束ね、帝国のライバルだったのだからもう大変！

「即座ニ施設ニ潜入調査セヨ」
単身の敵地潜入というこの危険な任務を拝命したのはガチガチの軍人「入谷少尉」。12将家出身で、若い小娘でありながら軍務階級職に就く程の生粋の軍人である。
しかし12将家と仲の悪い8公家側からも1人、潜入任務に随行する人員を選抜した。
この縄張り争いの犠牲こそ、一般人あがりの主人公「黒須巡査」。頭は冴えるが地位も名誉も無い平凡な保安局員である。
そんな凸凹の二人が諜報活動に向かった先はなんと何の変哲も無い学園。帝国内の重苦しい空気など微塵も感じられない自由な校風と笑顔と恋に満ちた学園だった。しかもこれは潜入調査、「イリヤ」と「クロス」という生徒になって学園に編入されてしまう二人。
「イリヤ」の軍気質に学園中が一騒動、主人公も振りまわされっぱなし……本国の公家指令本部へ毎晩送る暗号無線も、愚痴とも悲鳴ともつかぬものばかり。
だが時がたつにつれ、だんだんこの自由と平和に感化されてゆく入谷達。軍人「入谷」と学徒「イリヤ」の間で揺れるヒロインの結末は？