――産業革命が日本にも流入し、近代化を果たした今とは違う世界。

文久三年。
三百年にも渡って幕藩体制を守ってきた徳川幕府は、開国を迫る諸外国と、
朝廷復権を目指す公達、そして外様藩の画策により、内憂外患・体制崩壊へと追い込まれつつあった。
政争の舞台は江戸から京都へと転じ、傑物漢奸、総ての陰謀が帝都へと吸い寄せられていく。

そんな折、京都守護職に任ぜられた松平容保公によって、
瘴姫――鬼瘴石の洗礼を受けた女人のみで構成される治安維持組織 “新撰組” が組織される。

鬼瘴石は相性の合う人間を取り込むと、その膂力、反射神経を増強し、鬼神の如き戦闘力を与える。
だが如何なる天意の悪戯か、その適性は女人にしか発現しなかった。

多摩の片田舎、剣術道場・試衛館の塾頭を務める俊英・沖田惣次郎は、天涯孤独の身の上であった。
道場主である近藤伊佐、そして自分を窮状から救い上げてくれた伊佐の義兄弟・土方歳を家族とも主とも仰いでいたが、
ある時、幕府から京都の守護を職とする “瘴姫” を募る通達が耳に届く。

すぐさま伊佐に呼ばれた惣次郎は、二人が京都に出るという話を告げられる。

瘴姫として生を受けた以上、立身出世を果たすのが道――　惣次郎もそれは理解できていた。
だが、惣次郎は二人に恩なり借りなり返せてはいない。 それが心残りではあった。

しかし、次に伊佐から聞かされた言葉に、惣次郎は驚いた。

「お前の天稟の剣、今こそ私たちのために役立ててはくれまいか」

伊佐は惣次郎にも京都へ伺候しろと―― そう告げたのだった。