舞台は首都圏の某所に位置する巨大な学園都市。教育機関の集合体として、世界一の機能と設備、そして実績を誇るこの都市群は、全世界から高い評価を得ており、『学園国家ジュネシス』として独立していた。ジュネシスは各界の著名人─大物俳優、学会の権威、有力な政治家、実業家─を多く輩出し、学生なら誰でも憧れる豪華絢爛、壮大華麗な教育の場であった。

主人公のひろと大陸は、地球より離れた小惑星ファーデンフルスにあるエレウタリア王国の王子。だが、王位継承権の順位も低く、いずれ王族からも離れなければならない立場にあった。そんな彼が憧れていたのは、年相応の学園生活。退屈な王宮暮らしから逃れたい大陸は、地球への留学を強く望んでいた。大陸の想いを汲み、実母である女王陛下は進学を認める。但し、とある難解な条件を課して。

「ジュネシスを侵略せよ！　学園の支配者となれ！」

そして大陸はジュネシスに所属する『近衛ヶ原学園』に留学生としてやってくる。だがこの学校は、過去にジュネシスへ反抗した制裁（いやがらせ）を受けており、そのおかげもあって全校生徒数が６人しかいないという、悲惨極まりないものだった。大陸も初めはあまり乗り気でなかったものの、楽しい学園生活を手に入れるべく、他の仲間と共に、彼の考案した『ジュネシス侵略計画』を実行に移す。しかし、次々と送られてくるジュネシスからの刺客。無理難題を押しつけ、近衛ヶ原学園を、そして生徒達を苦しめる。だが、ここで負けていられるものか。仲間と力を合わせて、数々の難問を乗り越えろ！
星の王子が巻き起こす、侵略的はちゃめちゃホームステイ学園活劇が、今始まる！