3年ぶりに『夢降ケ里』を訪れた主人公「千亜樹」。
興味本位で、何が出てくるかわからないという神林家の巨大倉庫の整理を始めたのは良かったのだが、その最中で人間の様に動く少女の姿をした人形「紅巴」と出会ってしまう。

突然動き出し、話し掛けてきた人形に驚いた千亜樹を尻目に、『夜中にもう一度来なさい』と一方的に約束させられてしまった。そしてその夜、紅巴の力を使えば千亜樹を他人の夢の中に送り込め、その夢に干渉できるという話を聞かされる。

それから毎晩神林家の女の子達の夢に潜り込んではＨなイタズラをしていた千亜樹だったが、ある日女の子達の夢の奥底に何かしらの違和感がある事に気づいてしまう。紅巴が言うには、実は彼女達は魔物によって死ぬ事を運命付けられた人間だったのだ。契約によって死ぬ事を運命付けられた娘には、その証として『契命樹』という目印が心の奥底に刻まれ、そこには「死ぬ日時」と「その原因」が記されるという・・・・。

その『契命樹』を見付け出す事がきれば、彼女達を救う事が出来るかも知れない。
そうして千亜樹は『契命樹』を探し出すため、彼女達の夢の奥深くヘと潜って行くのだった―――。