平凡な高校2年生の主人公は、修学旅行先の京都から平安時代へとタイムスリップし、武蔵坊弁慶に成り代わって実は女の子であった源義経とともに源平合戦を戦い抜いた。

壇ノ浦の戦いの終結後に元の時代へと帰還した主人公だったが、仲間たちのことが忘れられずに日々を過ごしていた。そんな彼を見かねた友人たちの誘いで主人公は再び京都を訪れることになったのだが、宿泊先のホテルでまたしても800年前に飛ばされてしまう。

義経たちと再会を果たせたものの、時間移動のショックで記憶を失ってしまった主人公。このままでは史実どおり義経は奥州で命を落とすことになるのだが……。

湯船から顔を出すと、目の前には見知らぬ少女が。悲鳴を上げる少女・九羅香。状況が飲み込めないまま主人公は逃げ出すが、九羅香は刀を持って追いかけてくる。なんとか振り切り、命からがら逃げ出した主人公だったが、今度は2人組の屈強な男が現れ、主人公を力ずくで連れて行こうとする。 窮地に陥った主人公を救ったのは九羅香と1人の山伏だった。山伏の名はなんと武蔵坊弁慶。あの有名な義経の側近の1人である。この時、自分が歴史を遡り、平安末期へタイムスリップしたことに気づく主人公。しかし弁慶は戦闘で主人公をかばって瀕死の重傷を負ってしまい、主人公に対し、自分の名を継いで九羅香を守って欲しいと託して落命してしまう。

成り行きで武蔵坊弁慶を名乗ることになった主人公は、九羅香やその仲間たちと共に流転する運命に巻き込まれ、翻弄されていく。やがて自分がこの時代に来た理由と果たすべき役目を知るが……。