前作のシンフォニックナイツがファルケと戦っていたちょうどその頃、別の場所で、 新たな物語が始まろうとしていた… 主人公は、異世界パレキシアからやってきた「シルヴァ・ラドクリフ」。彼は、変容魔法 『メタモライズ』という独自の魔法を操る魔導士で、「アザハイド帝国」に軍人として仕えていた。 あるときシルヴァは、『メッツァー・ハインケル』と名乗る男から、魔力を帯び始めた 地上世界（現在の舞台）の存在を聞かされる。 シルヴァの得意とする『メタモライズ』は、自らの魔力を持って他の魔力に干渉し、 そのものの存在を変容させる高度な魔法だが、彼の住む魔法技術の発達したパレキシ アではそれらに抵抗するための技術も進んでおり、力を持たなかった。 だが、そんな自分の能力も、新たに魔法を持ち始めた世界でなら『メタモライズ』への 抵抗も弱く、絶大な力を発揮すると考え、シルヴァは軍を脱走しこの世界へとやって きた。この地上世界を手に入れるために。 地上征服の為の行動を開始するシルヴァ。そんな彼の前に、正義感に溢れた一人の 少女が現われ、彼の行動を正そうとする。彼女の名は立花亜梨子。 亜梨子を排除しようとするシルヴァ。 すると突然、彼女はシルヴァの持つ、メタモライズの才覚を持つ者に変身能力を与える ブレスレットに反応し、可憐な戦士『エリクシルナイツ』に姿を変えた。 力を持った亜梨子は戸惑いながらもシルヴァに戦いを挑む。 彼女こそ、シルヴァがメッツァーからその存在を知らされていた『魔法戦士』だった。 こうして、シルヴァとエリクシルナイツの、地上を巡る戦いが始まった…

朋衛玲奈は普段ごく普通の学園に通う少女。成績優秀で可憐、男子たちの憧れでもある彼女は、両親が仕事で海外へ赴任しているため、自宅で一人暮らしをしていた。 彼女の住む街は、世界最大の国際巨大企業『メガリンク』が運営する人工海上都市『ゼロポリス』。だがその街では、最近次々と奇怪な通り魔のような凄惨な事件が起こっていた。 そんな日々の中玲奈は、ある夜、街の一角で一人の少女が妖しげな怪物と戦っている光景を目撃する。窮地に陥る少女を見て、玲奈は危険を顧みず助けに入る。そのとき、玲奈は少女が懐から落したカードを手に取った。すると突然彼女は眩しい輝きに包まれ、美しく可憐な戦士へと姿を変えた。自分の姿に驚く玲奈。少女も姿を変えた玲奈に驚くが、冷静に玲奈に指示を与えて不思議な力を次々と使わせ、玲奈は少女の指示に従って怪物を倒した。 戦いが終わり、呆然としている玲奈に歩み寄る少女。少女は事の次第を玲奈に説明し始める。少女は自分が錬金術によって造られた人造人間であると告げ、あるものを悪の帝国の手に渡るのを防ぐようにという命令を受けて、異世界から逃げてきたのだという。 そのあるものとは、先ほど玲奈が手に取った不思議なカード… 『エンシェリウムカード』と呼ばれる、天使の力が宿る魔法のカードだった。しかしすでに地上は悪の帝国の侵略を受け始めているらしく、先ほどの怪物はその悪の手先だというのだ。 少女は玲奈に、このカードの力を使って、地上を悪の帝国から守るために戦って欲しいと願い出る。玲奈は、初めは自分にはそんな大役は果たせないと拒むが、やがて戸惑いながらも、地上の正義と平和を守りたいという強い意志と共に、彼女の真摯な願いを受け入れる…

度重なる異世界からの侵略を受けたこの世界は、その構造に変調を来し始めた。 元々この世界には存在していなかった“魔力”という新たな軸の出現である。 魔力の出現は、それを使って悪事を働く凶悪な犯罪者や、異世界から魔力に吸 い寄せられて出現する魔物の氾濫を生んだ。 そんな中、魔力を悪用しようとする者たちや、人々を危険にさらす魔物に立ち 向かい、正義を守るために戦う少女達の姿があった。 彼女たちは授けられた力ではなく、魔力を以て自ら生み出した力を用い、可憐 な戦士に姿を変えて戦いの場に立った。 彼女たちは、“魔法戦士”と呼ばれた。 一方、世界に新たに出現した“魔力”という物理軸を科学的に解明し、その構 造を明らかにすることで、世界に出現したこの新たな力を手に入れ、これから の世界を支配しようとする者たちも現れた。 魔力の持つ可能性にいち早く気付いた大企業『インペリオ』の研究員、 『雨塚』もそんな一人だった。 自分の持つ才覚の高さと野望の大きさゆえに、自らの立場とのズレにもどかし さを覚えていた彼はある日、『メッツァー・ハインケル』と名乗る男から、野 望を実現するための手段をもたらされる。 こうして雨塚は、魔力による世界の支配という野望の実現へ向けて戦い始める。 そんな彼の前に立ちはだかるのは、魔力と科学によって形作られた美しい衣を 身に纏う可憐な戦士、『シンフォニックナイツ』。 雨塚は、自分の力や魔物たちを駆使しながら、純真な彼女たちを快楽の檻に閉 じこめるための策謀を巡らせ始める…