――人類が二度目の世界大戦を経験した頃からか、世界各地で、
超常的な力や異形の容姿をもつ人間たちが確認されるようになり、
やがて、その力や特徴は『異能力』と呼ばれ、
『異能力』を持つ者は『異能保持者』と呼ばれるようになっていった。

人類は当初『異能保持者』達に同情的だったものの、
その数が増えるにつれ、
やがては彼らの力を恐れ、疎み、排斥する動きが生まれ、
「異能保持者」達もまた、ある者は自分たちの身を守る為、
ある者は自らの力を誇示する為、異能力を用いて人類と争うようになり、
こうした悪循環から、各地で暴動や犯罪が横行し、
世界的な両者の対立が急速に深まっていった。
世界規模の人類と異能保持者の対立は、
ある時から堰を切ったように世界各地で争乱が勃発する。
日本もまた例外ではなく、
人類と「異能保持者」と間に争いが勃発し、
政府機能の一時消失や、自衛軍将校によるクーデター未遂など
動乱の時代を迎えることになった。

混迷する国内情勢に対し、
日本政府は新たな治安維持機構として、
人類と「異能保持者」の双方が所属する特殊機動隊を創設する。

新たに創設された特殊機動隊第二課司令として
配属された榊弥 綜人は、隊員達とともに治安維持に努める。

特殊機動隊の創設から数年後、隊員達の活躍により犯罪率は低下し、
国内の治安は小康状態を保っていた。
つかの間の平穏を取り戻した日本で、日々、
異能力犯罪の取り締まりに努める特殊機動隊に所属する隊員たち。

ある事件を境に、異能保持者による組織犯罪が増加、
それと比例して、人々の不安や政府を非難する声が
急速に高まっていった。

それぞれ疑念を覚えながらも、事件の処理にあたる特殊機動隊の面々。
やがて彼らは国中を巻き込んだ大きな陰謀へと
飲み込まれていくのだった……。
　
再び勃発した人類と異能保持者との争い、武力鎮圧に動く軍、
そして争いを抑える為に出動する主人公たち特殊機動隊。

各勢力が入り乱れる危機的状況の中、
それぞれの正義と苦悩が交錯する先に 見えるものとは……。