この日本には古来より、人と、人ならざる異能の持ち主が存在していた。 人に近い容姿と獣をルーツとする異能の力を持つ彼ら獣人達は『亜人』と呼ばれ、 『忍者』として時の権力者に仕えてきた。 以上、おさらい！ かくして、運命のご主人様である主人公にお仕えするため、 風魔の里からやってきた猫耳忍者のゆらとたま。 騒動もようやく落ち着いて、ひとつ屋根の下一緒に暮らし始める一人と二匹だが、 平和でぐーたらな日々にさっそく不穏な影が？ 突如として街に現れた謎の忍び『猫飼 律』―― 一体その狙いとは？ 風雲急を告げる中、 猫忍二匹を率いる立場の主人公にも任務を与えられる。 「ここは一体どこだぴょん？」 可愛い以外になんの取り柄もない、 あきらかにうさぎな自称猫（？）忍者『マヤ』。 記憶喪失忍者の子守を命じられた主人公。 そして巻き起こるゆらとたまの家庭内ヤキモチ抗争。

晴れて正式に猫忍者ゆら・たまの主となった主人公。 ところがゆらとたまはすっかり飼い猫のように ぐーたらな日々を過ごしていた。 一方忍者の主らしくあろうと鍛錬を行う主人公に感心し、 特訓に付き合ってあげることにしたなち。 そこで思わず主人公に密着してしまった なちの意外な反応は……？

ある日、謎の抜け忍が街に潜り込んだらしい、 と主人公に話をする彩羽。 抜け忍の目的は不明だが、もしかしたら 主人公に関係するのではないかとのこと。 しかしゆら・たまが常に主人公にべったりでは 相手も警戒して手を出してこないだろうと、 急きょ彩羽が主人公の護衛として共同生活を送ることに……？