神の怒りにふれた時、 人々は人知を超えた試練によって試される―― 瀬戸内の小島「祈背島」≪いのせじま≫。 この島には、白蛇を多産の神"コウミガミ"として奉る 「巳重神社」≪みかさじんじゃ≫があり、宮司を務める神蛇家は その蛇神の望みとして言い伝えられている"兄妹婚"を代々慣わしとしていた。 破れば下るという蛇の罰を恐れて―― 現在、宮司を務めるのは「神蛇 丞」。 先代である父が流行病でこの世を去ってすぐ跡を継いだものの、 父を亡くしたことで精神を病んだ母「神蛇 鏡佳」の世話に、 妹の「神蛇 玲」と二人、頭を悩ませていた。 そんなある日、学者を名乗る「柳本 国定」が神社を訪ねて来る。 彼は民間伝承を研究しており、 この神社の奉神"コウミガミ"に纏わる伝承について調べに来たのだった。 一方で丞は、父が実は蛇の罰を受けたことで命を落としたという 噂が巷で広まっていることから、それらの伝承を疎ましく思っており、 柳本をつい追い返してしまう。 同日、鏡佳の妹であり、丞の初恋の人「九鬼 零佳」も現れ、 泊まり込みで家事を手伝いたいと申し出て来るが、 突然の事に丞は零佳を不信に思う。 まさか宮司が代替わりした隙をついて、 この神社を乗っ取る気ではないのかと…… 玲の頼みもあり受け入れることになるが、不信感は晴れぬままだった。 そんな彼らを、一匹の白蛇が見つめる。 それは血のように赤い瞳を妖しげに煌かせて、 この世ならざる者の雰囲気を纏っていた。 「……再度創め、終わらせようぞ……」 地を這いずるようなその冥い声は、 彼らの日常の終焉と共に、すぐ傍まで迫っていた――