《現代編》ストーリー それは何気ない日常の崩壊から始まった。 いつものように「あいつ」にやさしく揺さぶり起こされるのを待ちながら、寮のベットでまどろんでいた甲は、女性の叫び声に起こされる。 目覚めた甲の目の前にあったのは、銃声と爆発の閃光が交錯する戦場。目の前に迫る機械の爪を受け止めた自分の腕は鋼鉄の甲冑に覆われていた。 「ここは仮想？しかしのこ光景は一体!?」 甲のことを中尉と叫び、自分はその部下だというレインと名乗る女性に促されるまま、シュミクラムを駆り、仮想の戦場からリアルへ脱出する甲。 脱出した先は清城市。 そこは自分の知る学園時代とは似てもにつかない、荒廃した都市であった。 自分が学園生であると思っていた甲は、それはすでに数年前のこと、 現在の自分は傭兵として幾多の戦場を潜り抜けてきた敏腕で、優秀なシュミクラムユーザーであることを知らされる。 自らの人生に大きな意味を持っていたはずの、失われた記憶…。 深い霧に包まれた記憶から浮かび上がってくる事件の名は ”灰色のクリスマス” 灰色のクリスマスとは？なぜ自分はその事件を追っていたのか？その事件に自分はどう関わっていたのか？ 過去と現在の二つの記憶を辿りながら、甲はやがてこの世界に起こった重大な事件の顛末と、その真の意味を知ることになる…。 永久に続いていくと思われた平和な日々… だがそれは突然終わりを告げる 《学園編》ストーリー 平和な日々。大切な仲間たち、そしてシュミクラムに出会う… 星修学園に通う主人公の甲は、二年生になる前の春休み、それまで住んでいる寮が廃寮になってしまい、悪友の雅と二人路頭に迷っていた。 幸い再従姉妹である亜季が住んでいる寮に誘われる。たどり着いたその寮、如月寮で、甲は亜季とそして幼なじみの菜ノ葉と数年ぶりに再会する。 幼い頃の約束で、亜季からシュミクラムのプログラムを手に入れた甲は雅とともにシュミクラムバトルの大会参加を決意する。 星修学園の講師をしている学者の直樹という先生からシュミクラムの指導を受けながら、 チームのメンバーとしてスカウトしたスポーツ少女の千夏も巻き込み、甲はどんどんシュミクラムバトルの魅力にはまっていく。 そんなある日、甲は電脳症の少女、真と知り合う。 そして病気が原因で絡まれていた真を助けた甲の前に一人の少女が… 誤解から甲を張り倒したその少女は真の姉、空だった。 しかし甲が驚いたことには、空の容姿は甲が仮想空間で出会った謎の少女、クゥに瓜二つだったのだ。

某一天，星修学园的学生门仓甲，在虚构的战场中醒来了。 想起了自己是一个使用着优秀的战斗用电子体（シュミクラム）的佣兵的甲，也想起了自己跟自己的部下，也是唯一的伙伴：桐島レイン一起，追捕着某个人物。 这个人是甲曾经的恩师，久利原直樹。 他曾经所属的研究机关曾经引起了一件噩梦一般的事件「灰色的圣诞节」 追寻着那把自己的和平的学院生活和朋友都全部夺去的事件的真相的甲面前，出现了一个谜。 面对着AI派宗教组织ドミニオン，和学院时代开始的因缘的对手ジルベルト的暗中活跃。 GOAT的黄牌，命令者（コマンダー）的本体到底是？巨大方舟计划到底是？ 这些就像是要帮助甲一样而出现的迷之现象，到底有什么特别和异常的地方呢？ 然后，逐渐取回记忆的甲，跟那些一直想念着的学院时代的同伴再会了。 青梅竹马的菜ノ葉、从堂姐的亜季、亲友的千夏、雅……也许跟过去一样，也许发生过各种各样的变化的朋友们。 还没知道去向的真。 还有，本应在灰色的圣诞节中永远地消失了的空，和那跟她长得一模一样的NPCクゥ。 在甲面前，数次出现的名为エージェント的NPC，究竟是空，还是…… 当这些谜团都合而为一之时，真实之门就会打开。