未来の世界を背負って立つ人材を育てる超お貴族様校、秀皇館学園（しゅうおうかんがくえん）。
その生徒会の役員は「人気（カリスマ）」
……学生全体からの人気投票という、少し変わった方法で選出される。
基本的には家柄の良いお嬢様が選ばれるが、
エリート学園ゆえ一番重視されるのは「成績」。
年度末試験で学年首席の成績を修めた者は、
希望すれば生徒会役員の椅子を手に入れることができるのだ。
主人公・佐原遥臣は、「お嬢様ハーレム」を夢見て一般からこの学園を受験。
狭き門をくぐり抜け、猛勉強の末――
見事、生徒会入りを果たした。

けれど待っていたのは、雑用係として激務に翻弄される日々。
おかしいな、何か予定と違う。女の子の役に立てるのは本望だ。俺は皆を幸せにしたい。
でも、ハーレムってもっと俺にとっても「美味しい」ものじゃないの？
そんな微妙な「コレジャナイ」を抱えていたある日。
遥臣は女神に異世界召喚され、大冒険の末、勇者として魔王を打ち倒す。
異世界を救ったご褒美として願いを何でも叶えてくれると言う女神に、遥臣が願ったのは――
「女神様も俺のハーレムの一員になってくれ！！」

「ふぇっ！？無理無理！　無理に決まってます！」

勢いで女神に告白した遥臣だったが、当然却下され地球に強制送還。
しかも、倒したはずの魔王がどさくさに紛れて遥臣に取り憑き地球にやってきてしまい、
遥臣は女神に協力する元異世界召喚者のヒロインたちに命を狙われることに。
そしてよりによって、ヒロインの正体は学園生徒会の美少女たち……

これからどうしようと頭を抱える遥臣に、くっついてきた魔王が囁く。
「わらわの力でヤツらの『心の闇』をつき籠絡してやれば、
皆が喜んでお前を愛する、『本物のハーレム』を手にできるぞ？」

――こうして遥臣と魔王の生徒会攻略活動が幕を開けるのだった。