彼が目を覚ますと、その記憶は失われていた。 自分が誰なのかも分からない。 ここがどこなのかも分からない。 そんな彼のことを 「兄さん」 と慕う少女が現れた。 ――少女の名は 明智光理 （あけち ひかり）。 光理は記憶を失った兄にその名前を告げる。 そう、彼の名前こそ “明智久司朗”。 久司朗は光理と共に 『公立葉月学園』 に通う。 そこは “聖女” と呼ばれる存在を育成するためのジーニアス機関であった。 聖女という言葉に頭痛を覚える久司朗。 自分はかつて、その言葉に重要な意味を感じていたはず。 だが、どうしても思い出すことが出来ない。 久司朗はその学園で三人の少女たちと出会う。 “最も聖女に近い者” として、ずっと都（みやこ）のある 『都立弥生学園』 で育てられてきた少女 奇稲田撫子 （くしなだ なでしこ）。 聖女を守るために結成された 聖女騎士団 を育成するための学園 『軍立聖エイプリル学園』 の次期団長 フィアナ・アストレイア。 そして魔道を追求し、“能力（ギフト）” を研究する機関 『国立キサラギ魔道学園』 で、天才の名を欲しいままにしている才女 サリー・霧宮。 彼女たちに、久司朗は何か予感めいたものを感じる。 それは、“彼女らの誰かが聖女になれば、世界は崩壊する” という予感だ。 そしてさらに久司朗は、何者かに命を狙われることになる。 「貴方がこの世界にいると、この世界は滅びてしまうのです」 そう告げる謎の襲撃者 零月 （れいげつ）。 絶対絶命の大ピンチ。 だがその瞬間、久司朗の持つ能力――に見せかけた技術――“高速思考” が目を覚ます。 そして、彼は見たこともない場所、なのにどこかで知っている場所に現れていた。 そこは、とても広大な図書館。 「やあ、久しぶり。それとも、初めましてかな？」 そこにいた少女は……、光理と同じ外見を持った少女は語る。 「私はメフィスト。君が世界を壊すための相棒のようなものだよ、久司朗」 悪魔の名を名乗る少女 メフィスト と、記憶を失った久司朗の新たな戦いが幕を開く。