「マスターが命令するなら、私は人類を滅ぼすこともできます」

対テロ特殊部隊など、将来的に国防を担う人材の育成を目的として設立された学園組織SORD。
様々な事情から行き場をなくし、居場所を失った少女たちは、SORDへと送られ銃を手にする。
それが生きる事の赦しを得る、たった一つの方法だから。

アラタが伝習員（ハンドラー）を務めるSORD訓練校『美浜学園』Dクラスは、不良在庫（デッドストック）とあだ名される落ちこぼれの集まり。
生徒たちが一日でも長く生き延びられるよう、アラタは神経信号接続技術『PeTS』を使い、訓練を施す。

そんなある日、彼は不思議な少女と出会う。
テロリストのアジトで、培養槽の中で眠っていた少女エル。
運命に導かれるようにエルとPeTSでリンクしたアラタは、絶体絶命の危機を乗り越え、彼女をクラスに迎え入れる。

しかしそれは、謎のテロ集団ヘイディオとの戦いの始まりでもあった。

これは行き場をなくし、銃と実弾を手に取るしかなかった少女たちの物語――。