全世界的に魔力を宿した女性 “魔女” の存在が確認されてから、はや幾年月。
“魔法” はすっかり日常生活に溶け込み、“魔法は女性だけのもの” というのは世界の常識になっている。

しかし、その常識を覆す一人の少年が確認される――
その少年・東雲蒼（しののめ あおい）は、“世界でただ一人の魔力を宿した男性” というセンセーショナルな肩書きを引っさげ、
魔女たちの学園・国立御久仁学園に入学することに。

日本国内の学生たちが集う 東学舎塔 を束ねる “東学舎塔生徒会” 。
海外からの留学生たちが集う 西学舎塔 を束ねる “西学舎塔生徒会” 。
2つの塔 と 2つの生徒会 が存在する、ちょっと変わったこの学園。

学園でただ一人の男として最初はドキドキ・ビクビクしていた蒼の不安もすぐに解け、前向きに楽しく明るく学園生活をスタート！
――させたそばから、できたばかりの友達たちと一緒に 東塔生徒会 にほぼ強制で参加させられ、
あれよあれよという間に 生徒会監査会、通称・魔法生徒会大戦 に挑むことに。

東塔・西塔の両生徒会がそれぞれの塔を代表して、様々な競技でしのぎを削るこの催しは、塔の威信を賭けたもの。
負けは許されない戦いに臨む蒼には、ある不安が――

「魔法生徒会大戦 と言われても、俺は魔法を使えないんだけど……」

蒼の魔力はごく微量なもの。 しかも属性を持たない無色の魔力。
魔女たちのように魔力を 魔法 として行使することが出来ない、超特異体質な普通の男子学生にすぎないのだ。

不安と期待に満ちあふれた魔法少女たちとの学園生活は、ドキドキワクワクに彩られた百花繚乱恋模様。
あらゆる意味で自然と物事の中心になってしまう蒼が、この魔女だらけの学園、そして魔法生徒会大戦の先で手にするものとは――