かつて海上の一大交易拠点として繁栄を誇り「海の宝石」と讃えられていた海上移動都市トリスティアは、11年前に発生したドラゴンの襲撃を転機にさびれる一方であった。街の人々はかつての繁栄を取り戻すべく、伝説の古代文明であるパシアテ文明の技術「Eテクノロジー」を復活させた稀代の天才発明家（工房士）であるプロスペロ・フランカに街の再建を依頼するが、トリスティアへ派遣されたのはプロスペロの孫娘であるナノカ・フランカであった。