大巫师莱拉克为了人类与魔族的和平共处，携手同行，创立了这所混合魔法学校『莱拉克学院』。 某一天，一封入学通知书寄给了居住在东部偏远村庄里，与母亲相依为命的Emil家中。 由于过去遭受着巫师的恶劣对待，Emil非常讨厌巫师。 但得知从学院毕业后就能获得国家颁发的奖金后，为了生病的母亲，Emil决定入学。 前往学院路上迷路的Emil，遇到了年龄相仿的Henri。 两人意气相投，一见如故。但当Emil得知Henri是巫师时，这份友谊戛然而止。 正当Emil决定离开时，Henri坚持要送对方去学院，并强行施展了魔法。 然而，Henri的魔法失败了， Emil被传送到了一个完全陌生的地方。 于是，Emil波澜万丈的学院生活，就此拉开了序幕。