幼い頃にひと夏を一緒に過ごした少女に会うために一風変わった校風を持つ聖紅闇学園へやってきた内田望（うちだのぞみ）は、学園に渦巻く陰謀の渦中へと巻き込まれていく。

両親が海外へ転勤により一人暮らしを満喫しようと思っていた綾辻真（あやつじまこと）は、ひょんな事から幼なじみで従姉妹の護法あや（ごほうあや）と新任の女教師秋端優依（あきはたゆえ）の二人と同居することになる。 巷を騒がせる神隠し事件に関わったことから、真の運命は大きく傾いていくことになる。 暗躍する超常能力者、続発する不気味な事件。 事件は真の存在を中心に急展開をみせ、やがて事件の裏に隠された真相と敵対する二つの勢力の正体が明らかになっていく。