天然ボケの姉と二人暮らしの秋端忍は、おせっかいでドジな幼なじみのめぐみや留学生のルリアに囲まれて、それなりに楽しい学園生活を送っていた。 生徒会長の加門緋美子に毎年春先に発生する猟奇事件の調査を依頼されてから忍の周囲では不思議な現象が起こりはじめた。

両親が海外へ転勤により一人暮らしを満喫しようと思っていた綾辻真（あやつじまこと）は、ひょんな事から幼なじみで従姉妹の護法あや（ごほうあや）と新任の女教師秋端優依（あきはたゆえ）の二人と同居することになる。 巷を騒がせる神隠し事件に関わったことから、真の運命は大きく傾いていくことになる。 暗躍する超常能力者、続発する不気味な事件。 事件は真の存在を中心に急展開をみせ、やがて事件の裏に隠された真相と敵対する二つの勢力の正体が明らかになっていく。